La première Journée mondiale des oiseaux migrateurs a eu lieu les 8 et 9 avril 2006. À ce moment-là, les oiseaux migrateurs faisaient l’objet d’une couverture médiatique très défavorable, car on croyait, à tort, qu’ils étaient la principale cause de dissémination de l’Influenza aviaire (H5N1) à travers le monde. C’est ainsi que l’idée est née d’utiliser la première Journée mondiale des oiseaux migrateurs pour contrecarrer la publicité négative et souvent fortement déséquilibrée dont les oiseaux migrateurs faisaient l’objet lorsque la discussion sur l’Influenza aviaire battait son plein. C’est pour cette raison que le thème de la première Journée mondiale des oiseaux migrateurs, en 2006, a été : « Les oiseaux migrateurs ont besoin de notre soutien maintenant ! ». Au centre de la campagne se trouvait un évènement de lancement appelé WINGS, qui a eu lieu au bord de la Vallée du grand Rift, au Kenya, et était hébergé par Mme Kuki Gallman, célèbre auteur et conservationniste. En tout, 68 autres évènements liés à la JMOM ont trouvé place aux quatre coins du monde pour aider au lancement et à la toute première JMOM.